組織自1988年起在香港工作，時值越南船民潮。隨後10年，我們與聯合國難民署、香港政府和多個志願組織合作，在深水埗、屯門和望後石的難民營，以及白石、糧船灣、芝麻灣等船民營開設門診服務，提供醫療轉介、產前檢查、免疫接種，並開展心理支援項目，進行預防愛滋病及其他性病的健康教育，以及推行減少吸毒者共用針筒的計劃等。自1994年起，組織以獨立監察員的身分，報告遣返行動中任何違反人權的情況。我們繼續在營內工作，直至1998年初大部分越南難民和船民被妥善安置或遣返。

2003年，香港爆發嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）。組織於疫症高峰期，開設資訊教育項目，動員超過100名醫護學生及本地醫生，在公共屋邨和少數族裔社群發放預防SARS的訊息。

為應對2019冠狀病毒病（COVID-19）疫情，無國界醫生緊急醫療隊自2020年1月底起，開始在香港展開應對。我們於2020年為弱勢社群舉行多場健康教育對談和管理壓力與焦慮工作坊。我們也於第3波疫情之際和本地非牟利組織「ImpactHK」合作，為脆弱人群提供免費醫療諮詢，並為部分人安排臨時住宿。其後項目移交至「ImpactHK」，團隊便將活動重點移向精神健康意識和心理支援，為外籍家庭傭工的社群領袖展開培訓計劃，協助他們為同儕提供更有力的心理支援。2022年，本港爆發2019冠狀病毒病第五波疫情時，我們與本地非政府組織合作，向無家者、長者和低收入人士等弱勢社群提供以人為本的疫苗接種計劃，當中包括免費醫療諮詢。安老院舍及殘疾人士院舍方面，我們對16所院舍進行跨界別綜合評估，以了解其通風設施、感染防控，以及員工和院友的心理健康狀況，並撰寫評估報告及建議，希望有助增強院舍日後應對其他傳染病爆發的能力及準備。